Prema zakonu o rastu i opadanju pjene u procesu fermentacije, postoje dva načina kontrole PMI pjene: jedan je smanjiti mogućnost stvaranja pjene, prilagodbom sastava medija, kao što je dodavanje manje ili polagano povećanje sastava medija koji se lako pjeni, i mijenjanje određenih uvjeta kulture, kao što su pH, temperatura, brzina prozračivanja , brzinu miješanja ili promjenu procesa fermentacije na kontrolu.

Prednost mehaničkog uklanjanja pjene je u tome što ne treba unositi strane tvari u fermentacijsku juhu, štedi sirovine, smanjuje mogućnost kontaminacije i ne povećava opterećenje nizvodnog procesa ekstrakcije. Međutim, učinak PMI pjene često nije tako brz i pouzdan kao sredstvo protiv pjenjenja. Zahtijeva određenu opremu i troši određenu količinu energije. Njegov najveći nedostatak je što ne može suštinski eliminirati stvaranje pjene, pa se često koristi kao pomoćna metoda za uklanjanje pjene.

Mehaničko uklanjanje pjene je fizička metoda uklanjanja pjene koja razbija i uklanja mjehuriće uz pomoć jakih mehaničkih vibracija ili promjena tlaka. Uređaj za uklanjanje pjene može se postaviti unutar ili izvan spremnika. Lopatica za uklanjanje pjene može se postaviti iznad osovine za miješanje u spremniku, a pjena se može zdrobiti djelovanjem centrifugalnog polja ciklona. Mala količina sredstva za uklanjanje pjene također se može dodati u rotor za uklanjanje pjene kako bi se pojačao učinak uklanjanja pjene. Metoda izvan spremnika je izvlačenje pjene iz spremnika, a nakon što se pjena razbije ubrzanjem mlaznice ili centrifugalnom silom, tekućina se vraća u spremnik za fermentaciju.